汇总:生物信息学常用数据库、软件及完整版链接

2022-02-07 00:47:27 来源:
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一、生功用资讯学涉及的参考资料简介1、核糖参考资料

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是指美国国立生功用技术资讯中心

EMBL []

欧洲分子生功用学科学实验室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是当今世界三大DNA 参考资料之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI参考资料共同组成在世界上性DNA参考资料

CNGB []

华北地区国家参考资料(China National GeneBank)位处深圳大鹏开发区,是继当今世界三大参考资料后来的在世界上第四大国家级参考资料。它是华北地区首个,也是唯一一个国家特因库,相对于在世界上另外三个特因库而言,国家特因库样品保存的需求量、存储量和可访问的数据量皆是在世界上最大。

BIGD []

华北地区国家核苷酸科学数据中心 生命与生来生品质大数据中心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非字符RNA参考资料(1).非字符小RNA参考资料

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非字符RNA参考资料:

LncRNAdb []

真核生功用

LncRNAwiki [_Page]

全人类长非字符RNA参考资料

(3).非字符RNA堂兄弟参考资料

Rfam[]

类似于Pfam的RNA堂兄弟注解参考资料

(4).非字符RNA核苷酸参考资料RNAcentral [ ]3、细胞内质参考资料(1).细胞内质资讯

Human protein atlas [ ]

人体细胞内在细胞表皮、组织、病理条件下的表示

(2).细胞内核苷酸参考资料

Pfam []

Pfam是细胞内质堂兄弟的参考资料,除此以外用作隐马尔可夫三维生成的注解和多核苷酸对照。

SwissProt []

手动注解的非数据流细胞内核苷酸参考资料

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过紧密结合多个细胞内涉及参考资料,给予了一个只需的对细胞内核苷酸进行功用注解的的平台,除此以外对细胞内质堂兄弟、核糖体、功用残基的计算

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).细胞内质骨架参考资料

PDB []

通过科学实验测量的骨架

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).细胞内组参考资料PRIDE [](5).细胞内质功用域参考资料

PROSITE []

最全面

Pfam []

最专业

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).细胞内互作参考资料

STRING []

DIP []

科学实验验证的细胞内相互抑制作用参考资料

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、人体内参考资料

MapMan:一个功用强大的人体内都能查看和编辑插件

(1).人体内都能参考资料

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).人体内组学常用参考资料

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表型参考资料

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、核苷酸对照(1).核苷酸与参考资料对照Blast [](2).多核苷酸间对照Clustal(3).核苷酸进化树归纳MEGA6、特因归纳(1).特因资讯

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).特因注解

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).特因功用计算:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).特因骨架计算

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选特因的碱基和内含子等资讯图画特因骨架

Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]

可的博客获取细胞内核糖体的注解和后方资讯

(5).互补特因归纳OrthoDB是直系互补功用的区域性参考资料[](6).亚细胞表皮导向计算PSORT Prediction [](7).启动子归纳Plantcare [](8).基因表示旨在特因的miRNA计算psRNAtarget [](9).表示归纳

ArrayExpress [ ]

数据来自EMBL的测序功用核苷酸学科学实验的数据;

BAR []

在归纳特因功用时,通常会参阅特因的表示模式,即特因在动植功用不同组织不同成年期时期的表示丰度叠加。通过的博客归纳博客BAR对候特因进行表示归纳。 是一个动植功用生信归纳资源博客,用该博客归纳特因表示时,不仅可以授予特因表示模式的热图,还可以授予仿真的电子产品荧光特写,直观呈现特因在动植功用组织中的表示后方。

(10).特因骨架图画

GSDS []

Gene Structure Display Server,特于核苷酸注解明文图画核苷酸特因骨架等功用

7、细胞内质归纳(1).细胞内二级三级骨架计算及图画CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).细胞内特性归纳

ProtParam []

细胞内特性归纳是指细胞内的一些功用理和分析化学表达式,如反应性、等电点、和原子组成、消光formula_、半衰期、不稳定formula_、脂肪族指数、极性。这些表达式,有助于进行细胞内的涉及生化科学实验。比如在体外体系(大肠杆菌属、酵母等)表示和纯化旨在细胞内时,所需回避细胞内的反应性、等电点、消光formula_、不稳定formula_和极性等。在细胞内质来生科学实验中,也所需根据这些表达式冗余科学实验体系。

(3).细胞内亲均匀分布性归纳

Protscale []

细胞内的亲均匀分布性主要由其侧肽键特团R,如果R只是H或是C、H两元素组成的话,都是均匀分布的,如果含有极性侧肽键特团,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(亲水的)。均匀分布性有酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、硫胺素、亮氨酸、异亮氨酸、丙氨酸和蛋氨酸(甲硫氨酸)。均匀分布性在细胞内质内部,在保持细胞内质的三级骨架上,细胞内质和特质、抗体和抗原间的相互抑制作用等各种非共价的分子融合各个方面,具最主要抑制作用。

(4).衔接表皮骨架归纳

TMHMM []

细胞内的衔接表皮骨架归纳对于计算细胞内的亚细胞表皮导向密切涉及。如果具衔接表皮骨架,细胞内很也许导向于细胞表皮中与表皮涉及的骨架,如细胞表皮质表皮、叶绿体表皮或线粒体表皮等内表皮系统对。此外,细胞内衔接表皮骨架归纳对于细胞内功用归纳也有一定的帮助。比如某细胞内很难衔接表皮骨架,但是亚细胞表皮导向科学实验辨识其可导向于表皮涉及骨架,这说明该细胞内也许通过其他表皮导向细胞内招募过去的。

(5).波形肽归纳

SignalP []

山麓波形后方为波形肽切割点,山麓以后的核苷酸为波形肽

波形肽是指指引新合成的细胞内质向增生通路移转到的略长残基,常位处细胞内的N-末端,负责把细胞内质指引到不同表皮骨架的亚细胞表皮器内。字符增生细胞内的mRNA在翻译时首先合成N末端的波形肽,它被波形肽辨认细胞内(SRP)所辨认,SRP将核糖体载运至液泡上,液泡表皮上的 SPR 复合物辨认并与之融合。新合成细胞内在波形肽指引下到达液泡内凸,而波形肽则在波形肽细胞内质的抑制作用下被切除。由于它的指引,预科班的就都能通过液泡表皮转入凸内,之后被增生到胞外。在宿主菌中表示其会细胞内时,可用波形肽指引其会细胞内导向增生到胞外,提高细胞内可溶性,在原核表示系统对(大肠杆菌属、芽孢杆菌属等)和真核表示系统对(如毕赤酵母)中均有应用。

(6).酪氨酸残基归纳

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

细胞内质酪氨酸指由细胞内质激细胞内质催化的把 ATP 的磷酸特移转到到底功用细胞内质残特(糖类、苏氨酸、酪氨酸)上的过程,或者在波形抑制作用下融合 GTP(通常以 GTP 取代 GDP),是生功用体内一种普通的调节方式,在细胞表皮波形转导的过程中起最主要抑制作用。在波形达到时通过授予一个或几个磷酸上市公司而被激来生,而在波形减慢时能去除这些上市公司,从而失去来生性。有时某个波形细胞内酪氨酸通常造成下游的细胞内依次发生酪氨酸,形成酪氨酸级联反应。

二、生功用资讯学插件及下载镜像:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE的博客:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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